Zriadenie stanice v časti Nové Mesto súviselo s prestavbou železničného uzla, v ktorej išlo o prenesenie staníc z centra Bratislavy bližšie k jej okrajom. Počiatok stanice kladieme do roku 1957 stavaním jej násypov. Spočiatku nebola zapojená do dopravy a zabezpečovala len chod pracovných vlakov a drobných vozidiel medzi stanicami Bratislava – Predmestie a Bratislava – Podunajské Biskupice. Do riadnej prevádzky bola uvedená až v roku 1962 a staničnú budovu dostala roku 1964, kedy bola táto pri príležitosti 20. výročia Slovenského národného povstania slávnostne odovzdaná do užívania verejnosti. Za jej stavbou stojí architekt Vojtech Fifik, ktorý projektoval viacero železničných stavieb. Okrem výpravnej stanice v bratislavskom Novom Meste napr. budovu stanice Bratislava – Predmestie, Nové Zámky alebo prijímaciu halu železničnej stanice v Nitre.

Železničná stanica Nové Mesto sa delí na stredovú budovu vestibulu a dve priľahlé krídla, v ktorých sa nachádza prevádzkový systém, kancelárie a priestory pre zamestnancov. Budova vestibulu má kónický tvar a mierne zalomenú rímsu, čo narúša jej statickosť. Na každej bočnej strane má vchod, umožňuje tak prístup od električkovej i autobusovej zastávky. Vonkajšie steny sú vybavené hodinami, nevyhnutnou súčasťou železničných staníc, vnútorný priestor zasa presklenými stenami, ktoré ho intenzívne osvetľujú. Vestibul má vysoký strop a pomocou päťramenného schodiska sa v minulosti dalo vyjsť na dnes uzatvorenú galériu. Nachádzala sa tu čakáreň pre matky s deťmi, reštaurácia, holičstvo a kultúrne stredisko. Pod galériou sú umiestnené pokladne na predaj cestovných lístkov, odkiaľ vedie k nástupištiam 6 metrov široký podchod. Dominantu galérie tvorí nástenný obraz so železničiarskou tematikou od akademického maliara Františka Gajdoša.

Na prvom nástupišti je zas možné vidieť bronzovú plastiku známeho sochára Tibora Bártfaya ožiarenú denným svetlom prenikajúcim cez polkruhový otvor v strope. Letiaca postava znázorňujúca pohyb a rýchlosť sa tu spája s vlakmi križujúcimi krajinu.

Budova vestibulu a nástupištia boli v roku 2011 rekonštruované pri príležitosti Majstrovstiev sveta v ľadovom hokeji konajúcich sa v Bratislave. Ostatné priestory na svoju obnovu čakajú.
Autori: Luboš Korenčík, Jana Babušiaková